[repz]

Пришла мысль, заметил, что после выполнения:

var elems = document.querySelectorAll('tr>td>input[value=""]');
elems.forEach(input => {
var tr = input.parentNode.parentNode;
if(tr.tagName == 'TR' && tr.parentNode) tr.parentNode.removeChild(tr)
});

Остается:

<tr>--------------------удалить вот это, если
			<td></td>
			<td>
                           <table>
                             <tbody>---------вот тут ничего нет
                             </tbody>
                           </table>
                        </td>
</tr>

Мб имеет смысл в два этапа, первый, что выше и второй найти все пустые <tbody> -? добраться до tr и удалить его.
Что-то типа

var elems = document.querySelectorAll('table>tbody').length == 0; 
[].forEach.call(elems, function (el) {console.log("find");
});