[ksa]

не заметила, что в примере пробелы, а они не должны быть

Вариант "без пробелов"...

const command = '(al)G(al)()()G'
const o = {'(al)': 'al', '()': 'o'}
const re = /\(.*?\)|./g
const val = command.match(re).map(el => o[el] || el).join('')
alert(val)