[Rise]

Янковиц, у тебя 'background' тоже прозрачный, альфа то общая, поэтому все прошлые отрисовки просвечивают, а еще в интервале opacity в минус уходит.

myCanvas.addLayer({
    id: 'background',
    render: function(canvas, ctx) {
        ctx.globalAlpha = 1;
        ctx.fillStyle = 'black';
        ctx.fillRect(0, 0, canvas.width, canvas.height);
    }
})

var opacity = 1;
var fadeEffect = setInterval(function () {
    opacity = Math.max(0, opacity - 0.0125);
    if (opacity == 0) clearInterval(fadeEffect);
    console.log(opacity);
    myCanvas.render();
}, 10);