Ulibka,
попробуйте так
setTimeout(_ => {
process.emit('beforeExit');
process.emit('SIGTERM');
process.exit(0);
}, 2000);
вам нужно закрывать файл принудительно logger.close();
у logger естьсобытие finish может пригодится
logger.on('finish', function () {
console.log('finish event')
})