Обнаружил важный момент, элемент который я пытаюсь найти, подгружаются в iframe
upd
Нашел решение, нахожу сам iframe с помощью querySelector, а объект document со всей разметкой из этого айфрейма получаю с помощью contentWindow.document
т.е.
let dealIframe = document.querySelector('.side-panel.side-panel-container > .side-panel-content-container > iframe').contentWindow.document;
let number = dealIframe.querySelector('.crm-entity-widget-client-contact-phone');