[ksa]

Нужно сделать так, чтобы это происходила, через каждый три шага например в первый массив попали бы 1,4,7,10 строка, во второй массив 2, 5,8,11, в третий массив соотвественно 3, 6,9,12 строка.

Как вариант...

const a = [1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12]
const b = []
for (let i = 0; i < a.length; i++) {
	const j = i % 3
	const k = Math.trunc(i / 3)
	if (!b[j]) b[j] = []
	b[j][k] = a[i]
}
alert(JSON.stringify(b, null, ' '))