Есть три решения: мерзкое, убогое и правильное.
Мерзкое: настроить твой сервер так, чтобы он исполнял php код внутри .js файлов. По умолчанию он этого не делает. Гуглить по словам
<имя сервера> enable php execuion in .js files.
Убогое: возвращать js из php точно также, как ты возращаешь html из php:
<script src="js/new.php"></script>
Пример: new.php
<?php header('Content-Type: application/javascript');?>
// javascript code here
Правильное: полностью разделить серверную и клиентскую логику. PHP скрипты должны отдавать исключительно json данные по GET\POST запросам, в .js и .html должны быть исключительно javascript и разметка соответственно.
P.S. Когда выводишь данные в js из php никогда не используй просто echo, всегда используй json_encode. Да, даже для строк и чисел. Так шанс случайно накосячить сильно меньше.
document.querySelector('#links').textContent = '<?php echo "000000000000000"; ?>';
->
document.querySelector('#links').textContent = <?=json_encode("000000000000000")?>;