[voraa]

Забыл эти тонкости с функциями, когда функция в другом файле

Тут совсем без разницы в одном файле или в разных...
Просто знание языка
Если нужно получить значение из функции, то у нее должен быть return, возвращающий это значение

Можно узнать что я не так сделал?

function functeSt2() {
    const container = document.querySelector(".container");
 
    function html1() {
        const test2 = `
            <button>TEST2</button>
        `;
        container.innerHTML = test2;
        return container;
    }
 
    function html2() {
        const test3 = `
            <button>TEST3</button>
        `;
        container.innerHTML += test3;
        return container;
    }
}

html1 и html2 возвращают элемент DOM (при этом нигде не вызываются)
А functeSt2 не возвращает ничего.