[Aetae]

Генерация pdf у вас уже готова, я так понимаю?
Тогда не вижу проблемы вообще, это даже вопрос не программирования, а просто состыковки готовых запчастей.
У pdf библиотеки точно есть описание возможных выходных форматов.
У jszip есть описание форматов в которых он может прикладывать файлы.
Находите общий знаменатель, берёте выход pdf, кладёте на вход jszip, скачиваете получающийся архив.

Если что-то не получается - задаёте тут конкретные вопросы по конкретным проблемам.