[Aetae]

Ставлю палку колбасы, что не пустая, а там лежит Promise.
Советую изучить https://learn.javascript.ru/async.
Без понимания асинхронности в javascript ты никуда не уедешь и будешь спотыкаться на каждом шагу.

Примерно так оно должно выглядеть в плоском виде:

const webp = require('webp-converter');
const fs = require('fs').promises;

async function getWebpBase64(path) {
  const data = await fs.readFile(path);
  const buf = Buffer.from(data);
  const dataBase64 = Buffer.from(buf).toString('base64');
  // base64str of image
  // base64str image type jpg,png ...
  //option: options and quality,it should be given between 0 to 100
  return webp.str2webpstr(dataBase64, 'jpg', '-q 80');
}

async function main() {
  // тут весь код, вне main ничего кроме других деклараций функций ничего быть не должно

  const path = [[PYT]];
  
  const result = await getWebpBase64(path);
  console.log(result);
  
  [[ITOG]] = result;
}

main();

Вообще либа явно написана каким-то залётным хреном, мало что понимающем в js, так что может и вообще не работать. Но проверять мне лень.)