[webgraph]

const genKeys = (n) => {
	const keys = []
	while (n--) {
		const nkey = Math.round(Math.round()*1_000_000);
		const key = (''+nkey).padStart(7, '0');
		keys.push(key)
	}
	return keys;
}

const N = 1_000_000;
let t0;

// Генерация ключей для заполнения
const keys = genKeys(N);
const obj = {};
const set = new Set();

// Проверка и добавление для объекта
t0 = performance.now();
for (const key of keys) 
	if (!(key in obj))	obj[key] = true;
const tsetobj = performance.now() - t0;

// Проверка и добавление для Set
t0 = performance.now();
for (const key of keys) 
	if (!set.has(key)) set.add(key);
const tsetset = performance.now() - t0;  
  
// Проверка и удаление для объекта
t0 = performance.now();
for (const key of keys) 
	if (key in obj) delete obj[key]
const tdelobj = performance.now() - t0; 
     
// Проверка и удаление для Set
t0 = performance.now();
for (const key of keys) 
	if (set.has(key)) set.delete (key);
const tdelset = performance.now() - t0;  

console.log('Проверка и добавление для объекта', tsetobj.toFixed(0))
console.log('Проверка и добавление для Set', tsetset.toFixed(0))
console.log('Проверка и удаление для объекта', tdelobj.toFixed(0))
console.log('Проверка и удаление для Set', tdelset.toFixed(0))

Как так получается-то, что если поменять их местами, то "Проверка и добавление" выполняются практически одинаково и даже у Obj время меньше становится, чем у Set? В то же время если сначала проверять и добавлять объект (как изначально сделано) — разница существенная — более x2. Это как понимать?

По моим тестам Set также лидирует, но в вашем тесте я не понимаю почему по итогу недетерминированные результаты.