[voraa]

Сделал тесты с массивами отсортированным и несортированным.
Для поиска в сортированном массиве использовал функцию, которую предлагал ранее, немного изменив ее.
Число элементов сделал 100_000, что бы не ждать часами.

const genKeys = (n) => {
	const keys = []
	while (n--) {
		const nkey = Math.round(Math.random()*100_000);
		const key = (''+nkey).padStart(6, '0');
		keys.push(key)
	}
	return keys;
}

// Поиск значения val в отсортированном массиве arr
// возвращает {ind, has} 
// has == true, если элемент есть и ind - индекс элемента
// has == false, если элемента нет и ind - индекс большего элемента
const findBinIndex =(arr, val) => {
	if (arr.length == 0) return {ind: 0, has:false}
    let nb=0, ne=arr.length-1;
    if (val<=arr[0]) return {ind:0, has:val==arr[0]};
    if (val > arr[ne]) return {ind: ne+1, has: false};
    if (val == arr[ne]) return {ind: ne, has: true};
    let index;
    while (true) {
        index = ((ne + nb) / 2) | 0;
        if (arr[index] <= val)
            nb = index;
        else
            ne = index;
             
        if (ne - nb == 1) {
            if (val<=arr[nb]) return {ind:nb,has:val==arr[nb]};
            if (val > arr[ne]) return {ind:ne+1, has: false};
            if (val == arr[ne]) return {ind:ne, has: true};
            return {ind: ne, has:false};
        }
    }
}


const N = 100_000;
let t0;

// Генерация ключей для заполнения
const keys = genKeys(N);
const obj = {};
const set = new Set();
const arr = [];
const arrns = [];
let key;

// Проверка и добавление для Set
t0 = performance.now();
for (let i=0; i<N; i++) {
	key = keys[i];
	if (!set.has(key)) set.add(key);
}
const tsetset = performance.now() - t0;  

// Проверка и добавление для объекта
t0 = performance.now();
for (let i=0; i<N; i++) {
	key = keys[i];
	if (!(key in obj))	obj[key] = true;
}
const tsetobj = performance.now() - t0;

// Проверка и добавление для массива
t0 = performance.now();
for (let i=0; i<N; i++) {
	key = keys[i];
	const res = findBinIndex(arr, key)
	if (!res.has)	arr.splice(res.ind, 0, key)
}
const tsetarr = performance.now() - t0;

// Проверка и добавление для несортированного массива
t0 = performance.now();
for (let i=0; i<N; i++) {
	key = keys[i];
	const ind =  arrns.indexOf(key);
	if (ind<0)	arrns.push(key)
}
const tsetarrns = performance.now() - t0;

  
// Проверка и удаление для Set
t0 = performance.now();
for (let i=0; i<N; i++) {
	key = keys[i];
	if (set.has(key)) set.delete (key);
}
const tdelset = performance.now() - t0;  

// Проверка и удаление для объекта
t0 = performance.now();
for (let i=0; i<N; i++) {
	key = keys[i];
	if (key in obj) delete obj[key];
}
const tdelobj = performance.now() - t0; 

// Проверка и удаление для  массива
t0 = performance.now();
for (let i=0; i<N; i++) {
	key = keys[i];
	const res = findBinIndex(arr, key);
	if (res.has)	arr.splice(res.ind, 1);
}
const tdelarr = performance.now() - t0; 

// Проверка и удаление для несортированного массива
t0 = performance.now();
for (let i=0; i<N; i++) {
	key = keys[i];
	const ind = arrns.indexOf(key);
	if (!ind>=0) arrns.splice(ind, 1);
}
const tdelarrns = performance.now() - t0;
     

console.log('Проверка и добавление для объекта', tsetobj.toFixed(0))
console.log('Проверка и добавление для Set', tsetset.toFixed(0))
console.log('Проверка и добавление для массива', tsetarr.toFixed(0))
console.log('Проверка и добавление для несорт. массива', tsetarrns.toFixed(0))
console.log('Проверка и удаление для объекта', tdelobj.toFixed(0))
console.log('Проверка и удаление для Set', tdelset.toFixed(0))
console.log('Проверка и удаление для массива', tdelarr.toFixed(0))
console.log('Проверка и удаление для несорт. массива', tdelarrns.toFixed(0))

Результаты такие

Проверка и добавление для объекта 62
Проверка и добавление для Set 23
Проверка и добавление для массива 1443
Проверка и добавление для несорт. массива 181184
Проверка и удаление для объекта 26
Проверка и удаление для Set 23
Проверка и удаление для массива 4620
Проверка и удаление для несорт. массива 28313

Какой то парадокс. Безумно долго идет заполнение неотсортированного массива. В разы дольше, чем удаление из него же. Не могу понять почему.