[Белый шум]

Если только JS думает так есть массив иду по индексам, смотрю что находится в этом индексе, "запомнил" беру следующий массив иди по индексам и уже после этого сравниваю что находится в этом индексе.

По индексам массива идёт только функция every:

firstArray.every( )

И только по индексам одного массива - того, который указан перед ней через точку. Т.е. в данном случае она идёт по индексам массива firstArray.

И когда она проходит по индексам этого массива, она запускает для каждого его элемента функцию, которую ей передали в качестве параметра. В вашем случае это стрелочная функция:

(el, ind) => el === secondArray[ind]

где (el, ind) - это параметры данной функции. Значения в эти параметры передаёт every (при каждом запуске этой стрелочной функции значения будут разными).

Вот и вся логика. По индексам второго массива никто не проходит.