[voraa]

Может там с точки зрения реализации что то и логично, но в том, что при изменении только цвета изменяется положение в пространстве, я никакой логики не вижу.
Это же начисто убивает смысл такой верстки. Если не могут иначе, то проще сказать сразу - не применяйте фильтры к элементам, у которых есть дочерние абсолютные, т.к. мы снесем эти дочерние и расположим их не там, где вам нужно, а там, где нам удобнее.
Опять же это контекст не должен нарушать верстку. Если дочерние были внутри элемента, так они там должны и остаться по расположению.