Что то типа такого
var index = 0;
var indexRecicleBin = -1;
for (var i = 0; i < iItemTbl.rows.length ; i++){
id = "r"+i+"c0";
if ($(id).checked){
index++;
var ResetThisFilesIcon = linksList[i];
if (ResetThisFilesIcon === "Recycle Bin") indexRecicleBin = i;
iconList[i] = "none";
}
}
// indexRecicleBin будет -1, если корзина не отмечена или >= 0 - индекс строки с отмнченной корзиной
if (index > 0 && indexRecicleBin < 0){
func123();
$("warning").innerHTML="выполнено действие";
}else{
$("warning").innerHTML="иконка Корзины";
}