[voraa]

Таймер ставит функцию в очередь через указанный промежуток времени. В конец очереди. Но сейчас выполняется ваша функция. После нее уже могут стоять другие задачи - например какие нибудь обработчики событий от мыши. Плюс к тому же между задачами из очереди в соответствии с частотой экрана делается рендерин страницы, который может потребовать перерасчета стилей И только когда все это выполнится, будет выполняться функция, заданная таймером.
Реально это не выполнить функцию через указанный промежуток, а поставить в очередь.