До меня дошло. Вы вставляете куда то созданный div_main. Потом снова вставляете его в другое место. Он благополучно туда переносится из первого места. Элемент то один. Его нельзя вставить в много мест.
Надо делать его копию
additional[j].append(div_main.cloneNode(true))