Вряд ли анализ ссылок что то даст.
Ведь там ненужные файлы будут содержать ссылки на ненужные.
Вам надо отталкиваться, от имеющейся структуры предыдущей версии, там же есть все ненужные файлы. На линуксе гуглится как одной командой удаляют такое ("dir diff and delete files"). Для винды тоже что то
есть, но все надо проверять сначала на тестовом