Стандартным alert'ом управлять нельзя. Если модальность диалоговго окна не важна, то можно сделать своё окно
http://jqueryui.com/demos/dialog/ и располагать его, где захочется.
А еще есть Notifications API в HTML5
http://apirocks.com/html5/html5.html#slide12 но это покат только в Chrome и Safari можно использовать.