[Nexus]

Хотелось бы понять корень проблемы.

Проблема в том, что вы не предотвращаете поведение формы по умолчанию.
Я, признаться, подобного метода объявления слушателей события (через html-атрибуты) уже давным-давно не видел и не помню как передать событие в слушатель.
Но если предположить, что функция «proceedUploadedFile» корректно получает событие формы в кач-ве аргумента, то вы можете попробовать сделать так:

<form class="form" action="#" id="form" onchange="proceedUploadedFile(event)" onSubmit="runBuildPDF(event)">

function runBuildPDF(event) {
  event.preventDefault()

  spinner.classList.add('spinner_shown');
  button.classList.remove('download_shown');
  setTimeout(() => {
    buildPdf()
  }, 10);
}

Почему у вас форма отправляется только первый раз - непонятно, без кода сложно сказать.