Diadema, по knex ничего не знаю, но по логике - select возвращает найденные rows, т.е. набор рядов с выбранными cells(колонками), а не значение одной cell одной row.
Могу предположить, что тут возвращает он массив объектов(т.к. может быть выбрано больше одной cell), и в данном случае что-то типа:
[{"itemden_uuid": "f7b434d4-fce8-44d0-be17-b87429c6ff33"}]
, т.к. найден один row и выбран один cell под именем itemden_uuid в нём.
Получить само значение, следовательно, надо либо руками:
const [{itemden_uuid: newItemdenUuid}] = await DB
.from('itemdens.itemden')
.where('core_uuid', itemdenID)
.whereNot('itemden_uuid', itemdenID)
.select('itemden_uuid');
, либо используя какие-то модификаторы knex(смотреть в документации).