[Aetae]

Вот тебе варианты когда такое возможно:
1. всё дерьмо лежит вне body(это не валидно, но осуществимо)
2. body периодически целикиком перезаписывается(например через outerHTML) и старые слушатели на старом body больше не актальны.(встречал и на крупных сайтах)
3. console.log подменён сайтом и вообще не работает(встречается повсеместно, можно достать себе log из фрейма, если очень хочется).
4. addEventListener подменён сайтом.