[Aetae]

Нет, ты не можешь менять ничего на чужом сайте. Никак и никогда. Иначе ты мог бы, например, фреймить чужой банк-клиент, и делать с деньгами заходящих на твой сайт что захочешь.

Единственный вариант - это специально предусмотренный со стороны сайта api для этого. Ну и если ты хочешь поменять только для самомго себя - есть браузерные расширения.

Что делать в твоём случае?
1. Долбить в поддержку рутуба, дальше пусть исправляют.
2. Накостылить: если ты знаешь настоящее разрешение - то такое разрешение и ставь своему фрейму при подключении на странице, чтоб всё влезало.
Если нужна именно такая высота - то клади его в чёрную "коробочку" нужного размера, а по фокусу на фрейме - раздвигать его до размеров коробки. Или показывать pointer-events:none превью-картинку поверх фрейма, а по фокусу на фрейм - убирать. Или ещё как извратиться.