[рони]

Ubivectel,
как вариант
если находясь внизу, отправить сообщение, то счётчик обнулится.

kide.ajustar_scroll = function() {
            if (kide.scrolling) return;
            let scroll = kide.attr("KIDE_msgs", "scrollTop") - (kide.attr("KIDE_msgs", "scrollHeight") - kide.attr("KIDE_msgs", "clientHeight"));
            if (scroll < -300) {
                document.getElementById('kide-counter').textContent = newMessageCount;
                return;
            }
            if (kide.order == "bottom") {
                kide.attr("KIDE_msgs", "scrollTop", kide.attr("KIDE_msgs", "scrollHeight"));
                newMessageCount = 0;
                document.getElementById('kide-counter').textContent = '';
            } else kide.attr("KIDE_msgs", "scrollTop", 0);
        };