[voraa]

рони, Так нельзя

new Array(Width).fill({Value: 0 })

Вот что получится
Один раз создастся объект {Value: 0 } и все элементы массива заполнятся ссылками на него, на единственный объект.
Надо

Array.from({length:Width}, () => {Value:0})

function CreateMatrix2D(Width, Height) {
	return  Array.from({length:Height},
			() => Array.from ({length: Width}, 
				() => {Value: 0}
			)
		)
}
console.log(CreateMatrix2D(2, 3))