[ksa]

Но тут одна проблема - номера будут все время разные

Всегда можно сделать модификацию...

<style>
.c0 {
	width: 300px;
	border: 1px solid red;
}
.c5 {
	width: 350px;
	border: 1px solid green;
}
</style>
<main>
	<div class="c0">
	Это первый Div.c0
	<br>
	Сюда будем переносить
	<br>
	</div>

	<div class="c5">
	Это первый Div.c5
	<br>
	Сюда будем переносить
	<br>
	</div>

	<div class="c0">
	Это второй Div.c0
	<br>
	Его будем переносить
	<br>
	</div>

	<div id="f5" class="c5">
	Это второй Div.c5
	<br>
	Его будем переносить
	<br>
	</div>

	<div class="c0">
	Это третий Div.c0
	<br>
	Его тоже перенесем 
	<br>
	</div>

	<div id="f5" class="c5">
	Это третий Div.c5
	<br>
	Его тоже перенесем 
	<br>
	</div>

	<div id="f5" class="c5">
	Это четвертый Div.c5
	<br>
	И его перенесем 
	<br>
	</div>
<main>

<script>
/* Перенести информацию из всех элементов с указанным селектором 
в первый элемент с таким селектором. Остальные элементы удалить */
function moveСontents (selector) {
	const elems = [...document.querySelectorAll(selector)];
	if (elems.length <= 1) return;
	const first = elems[0];
	for (let i = 1; i < elems.length; i++) {
		first.insertAdjacentHTML('beforeend', elems[i].innerHTML);
		elems[i].remove();
	}
}
[...document.querySelectorAll('main > div')]
	.reduce((s, {className: c}) => (s.add(c), s), new Set)
	.forEach(c => moveСontents('.' + c))
</script>