[ksa]

Твой вариант

let usrId;
jwt.verify(generateJWT,process.env.SECRET_KEY, function(err, decoded) {
	usrId=decoded[0];
});

Не рабочий, т.к. асинхронный по природе...
Предложу такой вариант

const usrId = await getId(jwt, generateJWT, process.env.SECRET_KEY)

Ну и сама функция...

// Получить ID пользователя
function getId(jwt, gen, key) {
	return new Promise((res, rej) => {
		jwt.verify(gen, key, (err, decoded) => {
			if (err) return rej(err)
			res(decoded[0])
		});
	})
}