[Андрей Параничев]

Лучше взять какой-нибудь фреймворк с CSS-селекторами. Ну или можно так:

var inputs = document.getElementsByTagName("INPUT");
var result = [];

for (var i in inputs)
{
   if (inputs[i].type == "checkbox" && inputs[i].checked == true)
   {
       result[] = inputs[i].id;
    }
}

Топорно и медленно.