[Юрий Шу]

$(document).click(function(e){ 
	    e = e || window.event; 
	    t = e.target || e.srcElement; 
	    if (!$(t).is('#appearing-box') && $(t).parents().find('#appearing-box').size()==0) { 
	       $('#appearing-box').hide(); 
	    } 
	});

Убрал отрицание у второго условия. Иначе был обратный эффект.

Еще, не могли бы вы раскрыть смысл 2-ой и 3-ей строк. Не совсем понятно, что это.
А селектором :not нельзя тут обойтись??