переменная myArr2 должна быть внешней для этой функции, как countArr. А так она каждый раз чистая при очередном вызове функции.
var myArr2 = [];
function add2cart(a,b,c,d){
myArr2.push([a,b,c,d]);
$.cookie('tovar',myArr2);
$.cookie('countArr',myArr2.length);
}
если правильно понимаю, то это должно выглядеть так.