столкнулся с такой же проблемой, скрипты на перле работают везде а PHP или даже простой HTML не отрабатывают ответ в IE.
Нашел разницу в заголовках ответа перла и PHP:
перл возвращает Content-Type:text/html; charset=utf-8
а PHP Content-Type:text/html; charset=utf8
решил для себя проблему, поставив первой строкой:
<?php header("Content-type: text/html; charset=utf-8");?>
возможно установка default-charset=utf-8 вместо default-charset=utf8 тоже поможет