[exec]

Пока в голову приходит только это:

var str = 'aa (xx, dd, ee), f gg (hh, dd, pp)';
x = str.split(/\(|\)/g);
for (var i = 1; i < x.length; i += 2) x[i] = '(' + x[i].replace(/,/g, '') + ')';
x = x.join('');
alert(x);