[рони]

можно и без a,b
а это найденная подстрока, b данные в первой ()
в данном случае они совпадают

var str = 'aa (xx, dd, ee), f gg (hh, dd, pp)';
str = str.replace(/(\(.*?\))/g, function (a){return a.replace(/,/g, '')})
alert(str);