[pandasensey]

как сохранить ссылку на создаваемый элемент

Я же написал:

var root = document.createElement("DIV")

После выполнения этой команды в переменную root будут записана ссылка на созданный элемент. И после добавления этого элемента к чему-дибо (appendChild) ссылка остается. Ты можешь создавать это и в цикле и присваивать элементам массива ссылки на новые элементы:

var root = document.createElement('DIV'),
temp = document.createDocumentFragment(); //Это важно, потому что в цикле добавлять элементы к чему-то существующему на странице - неэтично)
var links = [];
for (var i = 0; i < 10; i++) {
  links[i] = document.createElement('DIV');
  temp.appendChild(links[i]);
}
//В этом цикле мы создали 10 DIV'ов во временном контейнере и записали ссылки на них в массив links
root.appendChild(temp);
document.body.appendChild(root);