[DMH]

Я так понял, проблема в том, что абсолюты уезжают за край порта просмотра, появляются скроллбары, отжирают место у порта просмотра и заставляют рефловить всю страницу.
В таком случае достаточно поставить overflow:hidden для, скажем, body (или блока-обвертки), и этого происходить не будет.

Да, это вторая проблема, тормозившая Internet Explorer на 0.2-0.3с, нижние и боковые абсолютные бордеры выходили за пределы экрана и начиналось притормаживание, а там где не выходили, работало чуть быстрее. После убирания height:100%, скорость увеличилась в 3 раза, после применения overflow:hidden скорость увеличилась на 0.2-0.3с. Такими темпами скрипты скоро летать будут

Вторая причина впринципе объяснена вами, осталась теперь первая, про height:100%.

И статей то не встречал в интернете, как правильно верстать, чтобы не тормозили скрипты, непопулярная тема что ли.

p.s. overflow:hidden для обёртки, если для body, тогда полос прокрутки не будет. Я по правде говоря так до конца и не понял каким образом overflow:hidden повлиял на IE, полосы прокрутки естественно так и остались, но работать он стал заметно быстрее. На все остальные браузеры overflow:hidden для body и для обёртки с убиранием полос прокрутки не повлиял никак (Опера 10.51 повисла, но в этой опере баг), в остальных и не хуже и не лучше.