Хорошо.
Я тут поглядел на некоторые популярные фреймворки, как они абстрагируются от всего остального:
var Prototype = {
...
(function( window, undefined ) {
...
})(window);
я так понимаю, они существуют в глобальной области, Prototype как объект, а jQuey как метод объекта window?