выводить html в php-файле не стоит, если это не шаблон
по поводу вынесения js-кода в отдельный файл: во-первых, посмотри, загружается ли этот файл (вкладка Сеть в
firebug) и происходит ли это после jquery.min.js и ddsmoothmenu.js (кстати, похоже, что все-таки перед). И на вкладку Консоль можно заглянуть, проверить наличие ошибок
p.s. и отредактируй свое сообщение, оформи код нормально (
http://javascript.ru/formatting), воcпользуйся тэгами php, js