Внутренний и внешний цикл используют переменную с одним и тем же названием для итератора.
Да и вообще можно было бы обойтись одним циклом:
var divs = document.getElementsByTagName('DIV');
for ( var i = 0; i < divs.length; i++ ) {
if ( divs[i].id.indexOf('pa') == 0 ) {
var e = divs[i].getElementsByTagName('a')[0];
e.parentNode.removeChild(e);
}
}
+ добавить break, если ссылка всегда только одна, чтобы не было лишних итераций после того, как ссылка уже найдена.