[рони]

проверьте существуетли элемент массива arr[some_index++] после того как вы удалили arr[some_index]
может так проще менять элементы массива местами:

Array.prototype.exchange = function (a, b) {
    if (this[a] && this[b]) {
        var c = this[a];
        this[a] = this[b];
        this[b] = c
    }
    return this
};
var arr=[[1,1,1,1,1],[2,2,2,2,2],[3,3,3,3,3],[4,4,4,4,4],[5,5,5,5,5]];
alert(arr.exchange(0,1));