jQuery конфликтует с SystemFramework, да и использовать их совместно — бред, если конечно перед Вами не стоит задача напихать в проект как можно больше JavaScript-кода.
Можно попробовать убрать конфликты, используя такую обёртку для всех кодов на jQuery:
(function($) {
// код для jQuery
})(jQuery);
но это не решит всех проблем.
И для чего у Вас в проекте 2 файла jquery?