[MadGest]

чем он отличается от любых других элементов?

Ничем. Просто там выводом списка управляет php. Скрипт в отдельный файл не вынесен.

<div id="filelist_sub" style="margin:1em;">
<ul id="navigation">
	<li><b>source files</b>
	<ul>
<?php
for($i = 0; $i < count($files_c); $i++)
{	
									
										$dir_file = $dir.'/'.$files_c[$i];
										$fp = fopen($dir_file, "r"); 
										
										while (!feof($fp)) {
											$text = fgets($fp, 4096);
											$text = trim($text, "\x00..\x1F");
											$text = str_replace(chr(34),""",$text);
											$text = str_replace(chr(39),""",$text);	
											$textp_c[$i] = $textp_c[$i].$text."\n";
										}		
										
										fclose($fp);
									}
											
								for($i = 0; $i < count($files_c); $i++)
								{
									echo "<li><a href=\"#\" onmousedown=\"Open('";
									echo $textp_c[$i];
									echo "','";
									echo $files_c[$i];
									echo "');  \">";
									echo $files_c[$i];
									echo "</a></li>";
								}	
								
								
							
							?>				
						</ul>
					</li>

если он был изначально при загрузке страницы, то используйте [имя_текущего_раздела], для того чтобы получить данные с сервера, и замените его стандартными средствами(innerHTML, DOM)

Что значит [имя_текущего_раздела].