[Riim]

То, что сразу в глаза бросается:

functiоn InputFileFake()

используя innerHTML можно сильно сократить функцию, она станет заметно понятней.

functiоn HandleChanges()
{
fileInput = document.getElementById('file_input');
fileType

где var?

switch (ext.toLowerCase())
{
case 'doc': pos = '0'; break;
case 'bmp': pos = '16'; break;
case 'jpg': pos = '32'; break;
case 'jpeg': pos = '32'; break;
case 'png': pos = '48'; break;
case 'gif': pos = '64'; break;
case 'psd': pos = '80'; break;
case 'mp3': pos = '96'; break;
case 'wav': pos = '96'; break;
case 'ogg': pos = '96'; break;
case 'avi': pos = '112'; break;
case 'wmv': pos = '112'; break;
case 'flv': pos = '112'; break;
case 'pdf': pos = '128'; break;
case 'exe': pos = '144'; break;
case 'txt': pos = '160'; break;
default: pos = '176'; break;
};

я бы сделал через объект, пример:

var obj = {doc: 0, bmp: 16/*, ....*/};
var pos = obj[ext.toLowerCase()];