[Kolyaj]

Но вы полагаете удобно использовать for вместо for in?

Это не я предлагаю использовать for вместо for-in, а вы используете for-in вместо for. Ещё раз: for-in перебирает свойства объекта, а не только целочисленные свойства, коими являются элементы массива. Так почему вы жалуетесь, что for-in захватывает кастомные методы? Он для этого и предназначен.

Только потому что, библиотеке вздумалось изменить стандартный класс все ранее написанные скрипты нужно переделать?

Не класс, а прототип. И не изменить, а добавить метод. Это вполне легальная ситуация. По ссылке выше описан случай, когда for-in взрывается и без добавления методов в прототип.
И да, если скрипты написаны неправильно, их нужно переписать.

а как тогда пробежаться по хэшу, когда мне нужны и ключи и значения?

А тут в чём проблема?