Rifler, Вы
а) либо на сервере генерируйте правильные данные, чтобы клиентская часть "не задумывалась" о корректности данных,
б) либо корректируйте данные на клиенте, универсально, например:
var data = '[1, 2, 3][4, 5, 6][7, 8, 9]';
var arr = eval('[' + data.replace(/\]\[/g, '],[') + ']');
alert(arr.join('\n'));