[HelpeR]

$links[3] это php?
и правильно будет location.href = "'.$links[2].'";
А если хочешь прогнать по ссылкам, то так же можно просто пустить цикл

var l = ['1.html','2.html'];
var c = 0;
var newWin = window.open(l[0]);
(function() {
    if(c < l.length) {
	newWin.location.href = l[c];
	c++;
	setTimeout(arguments.callee, 1000); // можешь контролировать время обновления страницы (время измеряется в миллисекундах)
	}
	
})();