// размеры окна
obj.style.width = "100px";
obj.style.height = "100px";
// положение
obj.style.position = "absolute"
obj.style.top = "100px";
obj.style.left = "100px";
Должно работать во всех браузерах, если указываете абсолютное позиционирование, то положение будет задаваться от левого верхнего угла браузера. Если указываете "relative", то положение будет относительно родителя.