1. Для форматирования PHP-кода используйте BB-code '['PHP][/PHP']' (без ковычек)
2. Чтобы установить данный модуль (как в прочем и любой другой) нужно во-первых назначить уникальный идентификатор родительскому элементу, а затем определить функцию:
1-й 
<div class="ppy" id="ppy1">
   <ul class="ppy-imglist">
      <li>...</li>
   </ul>
</div>
2-й
<div class="ppy" id="ppy2">
   <ul class="ppy-imglist">
      <li>...</li>
   </ul>
</div>
<script type="text/javascript">
   $('#ppy1').popeye();
   $('#ppy2').popeye();
</script>