1. Для форматирования PHP-кода используйте BB-code '['PHP][/PHP']' (без ковычек)
2. Чтобы установить данный модуль (как в прочем и любой другой) нужно во-первых назначить уникальный идентификатор родительскому элементу, а затем определить функцию:
1-й
<div class="ppy" id="ppy1">
<ul class="ppy-imglist">
<li>...</li>
</ul>
</div>
2-й
<div class="ppy" id="ppy2">
<ul class="ppy-imglist">
<li>...</li>
</ul>
</div>
<script type="text/javascript">
$('#ppy1').popeye();
$('#ppy2').popeye();
</script>