Как-то так, правда допилить еще придется:
<div style="background: red; position: absolute; width: 100px; height: 100px;" id="div"></div>
<script type="text/javascript">
window.onload = function(){
var div = document.getElementById('div')
div.style.top = (document.documentElement.clientHeight - div.offsetHeight)/2 + 'px';
div.style.left = (document.documentElement.clientWidth - div.offsetWidth)/2 + 'px';
};
</script>
Кстати, полезно будет
ознакомиться