to Snipe: Можете не извинятся. Ситуация немного прояснилась.
Да действительно он переопределяет эвенты. Я написал им в баг трекер
http://prototype.lighthouseapp.com/p...nloads-manager
И сообщил им о данной проблеме на что был получен однозначный ответ
Кто хочет посмотрите.
В итоге перешел на jQuery. Слава богу там все на своих местах, только кода вот теперь много надо править.