[monolithed]

вот тут он выводит 0, а должен 1.

Не должен.
Порядковый номер элемента соответствует его индексу, а значение первого индекса по-умолчанию - 0.

В следующий раз конкретней формулируйте задачу!

<script src="http://code.jquery.com/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>

<ul>
    <li>li</li>
    <li class="now">now</li>
</ul>
<ul>
    <li>li</li>
    <li class="now">now</li>
</ul>

<script type="text/javascript">
$(function(){
    $('li[class="now"]').each(function(i){
        $(this).click(function(){
            *!*
            alert(++i);
            */!*
        });
    });
});
</script>